اگر چه خیام در کتاب های علمی و فلسفی خودش که بنا به دستور و خواهش بزرگان زمان خود نوشته، رویه کتمان و تقیه را از دست نداده و ظاهرا جنبه بی طرف به خود می گیرد، ولی در خلال نوشته های او می شود بعضی مطالب علمی که از دستش دررفته ملاحظه نمود. مثلا در «نوروزنامه» (ص۴) می گوید: « به فرمان ایزد تعالی حال های عالم دیگرگون گشت، و چیزهای نو پدید آمد. مانند آنک در خور عالم و گردش بود.» آیا از جمله آخر فورمول معروف Adaptation du milieu استنباط نمی شود؟ زیرا او منکر است که خدا موجودات را جداجدا خلق کرده و معتقد است که آن ها به فراخور گردش عالم با محیط توافق پیدا کرده اند. این قاعده علمی که در اروپا ولوله انداخت آیا خیام در ۸۰۰ سال پیش به فراست دریافته و حدس زده است؟ در همین کتاب (ص۳) نوشته: «و ایزد تعالی آفتاب را از نور بیافرید و آسمان ها و زمین ها را بدو پرورش داد.» پس این نشان می دهد که علاوه بر فیلسوف و شاعر ما با یک نفر عالم طبیعی سروکار داریم.

پس خیام باید یک اندیشه خاص و سلیقه فلسفی مخصوصی راجع به کاینات داشته باشد. حال ببینیم طرز فکر او چه بوده: برای خواننده شکی باقی نمی ماند که گوینده رباعیات تمام مسایل دینی را با تمسخر نگریسته و از روی تحقیر به علما و فقهایی که از آن چه خودشان نمی دانند دم می زنند حمله می کند. این شورش روح آریایی را بر ضد اعتقادات سامی نشان می دهد و یا انتقام خیام از محیط پست و متعصبی بوده که از افکار مردمانش بیزار بوده. واضح است فیلسوفی مانند خیام که فکر آزاد و خرده بین داشته نمی توانسته کورکورانه زیر بار احکام تعبدی، جعلی، جبری و بی منطق فقهای زمان خودش برود و به افسانه های پوسیده و دام های خر بگیری آن ها ایمان بیاورد.

زیرا دین عبارت است از مجموع احکام جبری و تکلیفاتی که اطاعت آن بی چون و چرا بر همه واجب است و در مبادی آن ذره ای شک و شبهه نمی شود بخود راه داد. و یک دسته نگاهبان از آن احکام استفاده کرده مردم عوام را اسباب دست خودشان می نمایند. ولی خیام همه این مسایل واجب الرعایه مذهبی را با لحن تمسخرآمیز و بی اعتقاد تلقی کرده و خواسته منفردا از روی عمل و علل پی به معلول ببرد. مسایل مهم مرگ و زندگی را به طرز مثبت از روی منطق و محسوسات و مشاهدات و جریان های مادی زندگی حل بنماید، ازین رو تماشاچی بی طرف حوادث دهر می شود.

خیام مانند اغلب علمای آن زمان به قلب و احساسات خودش اکتفا نمی کند، بلکه مانند یک دانشمند به تمام معنی آن چه که در طی مشاهدات و منطق خود به دست می آورد می گوید. معلوم است امروزه اگر کسی بطلان افسانه های مذهبی را ثابت بنماید چندان کار مهمی نکرده است، زیرا از روی علوم خود به خود باطل شده است. ولی اگر زمان و محیط متعصب خیام را در نظر بیاوریم بی اندازه مقام او را بالا می برد.

ولی در ترانه های خودش خیام این کتمان و تقیه را کنار گذاشته. زیرا در این ترانه ها که زخم روحی او بوده به هیچ وجه زیر بار کرم خورده اصول و قوانین محیط خودش نمی رود. بلکه بر عکس از روی منطق همه مسخره های افکار آنان را بیرون می آورد. جنگ خیام با خرافات و موهومات محیط خودش در سرتاسر ترانه های او آشکار است و تمام زهرخنده های او شامل حال زهاد و فقها و الهیون می شود و به قدری با استادی و زبردستی دماغ آن ها را می مالاند که نظیرش دیده نشده. خیام همه مسایل ماورای مرگ را با لحن تمسخرآمیز و مشکوک و به طور نقل قول با «گویند» شروع می کند:

گویند: «بهشت و حور عین خواهد بود... (۸۸)گویند مرا: «بهشت با حور خوش است... (۹۰)گویند مرا که: «دوزخی باشد مست... (۸۷)

در زمانی که انسان را آینه جمال الهی و مقصود آفرینش تصور می کرده اند و همه افسانه های بشر دور او درست شده بود که ستاره های آسمان برای نشان دادن سرنوشت او خلق شده و زمین و زمان و بهشت و دوزخ برای خاطر او برپا شده و انسان دنیای کهین و نمونه و نماینده جهان مهین بوده چنان که بابا افضل می گوید: